Eski Başbakan Ahmet Davutoğlu, FETÖ’ye yönelik kanaatinin somut bir şüpheye dönüşmesinin 7 Şubat 2012’de MİT Müsteşarı Hakan Fidan’ın ifadeye çağrılmasıyla gerçekleştiğini bildirdi. FETÖ’nün Darbe Komisyonu tarafından kendisine sunulan 25 soruya yazılı cevap veren Davutoğlu, 11. Cumhurbaşkanı Abdullah Gül’e danışmanlık yaptığı dönemde örgütün takiyeci yüzünü gördüğünü belirterek şunları kaydetti: 
“12 Eylül darbesini hayırlı bir gelişme olarak tanımlayan Gülen, yıllar sonra 28 Şubat darbesinin de yanında yer alarak, bizi hayal kırıklığına uğratmıştı. Bu yapı Başbakanımız Recep Tayyip Erdoğan’a, AK Parti hükümetine ve demokratik sivil siyasete parmak sallamaktaydı. Sayın Başbakanımızın dirayetli tavrı olmasaydı daha o günlerde bu müdahale kısa sürede bir darbeye dönüşebilirdi. Dershanelerin kapatılması tartışmaları, pandoranın kutusunun açılmasını sağlamıştır.
6-7 Ekim olayları esnasında açık bir şekilde PKK yanlısı bir tavır sergileyen örgüt, 7 Haziran seçimlerinde siyasi istikrarsızlık ortamı oluşması için hükûmetimiz karşısında geniş bir blok oluşturma çabasına girişmiştir. Yasadışı dinlemeler de Cumhurbaşkanımızın Davos’taki “one minute” çıkış sonrası başladı.
2013’te Başbakanımız Recep Tayyip Erdoğan ile yaptığımız değerlendirmede Gülen’in daha önce yapılan çağrılar çerçevesinde Türkiye’ye getirilerek kontrol altına alınmasının gerekli olduğu kanaatine vardık. Başbakanımızın talimatı doğrultusunda, BM Genel Kuruluna katılmak üzere ABD’de bulunduğum sırada, Gülen’le bir görüşme gerçekleştirdim. Bu görüşmede gerekli uyarılarda bulundum. Başbakana kendisini samimi görmediğimi, zaman kazanmaya çalışır bir intiba verdiğini ve bu kritik süreçte dikkatli olmamız gerektiğini ifade ettim. Bu görüşme sonrasında, Gülen’in hükûmetimize ve ülkemize yönelik operasyonların içinde olduğuna ve bu tutumundan vazgeçme niyetinde olmadığına yönelik kanaatimiz pekişti. Bu görüşme dışında, kendisiyle başka hiçbir görüşmem olmamıştır. Bu görüşme ile yapının şahsıma yürüttüğü saldırıları artarak devam etmiştir.”
24 Kasım 2015 tarihinde düşürülen Rus uçağına da değinen Davutoğlu, şunları kaydetti: “Talimatını verdiğim angajman kuralları Rusya dahil hiçbir ülkeyi hedef almamıştır, ancak aynı angajman kuralları hangi ülkeden olursa olsun savaş şartlarındaki bir ülkeden hava sahamızı ihlal eden bütün hava araçlarını kapsamıştır. Bu olayda uçağı düşüren pilotun FETÖ/PDY ile irtibatlı olup olmadığı hususuna gelince, Sayın Genelkurmay Başkanımız daha sonraki görüşmemizde pilotun geçmişini ve ilişkilerini araştırdıklarını ve somut bir irtibat tespit edilemediğini bildirmiştir.