İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Bürosu savcılarından Can Tuncay tarafından hazırlanan 351 sayfalık iddianamede, darbe girişiminden önce 12 Temmuz'da yapılan toplantıda şüpheli Muzaffer Düzenli'nin İstanbul'la ilgili planlamayı genel olarak anlattığı, bu kapsamda darbe girişimi sırasında kontrol altına alınacak noktalardan Anadolu yakasında olanların 2. Zırhlı Tugay, 23. Motorlu Piyade Alay, Tuzla Piyade Okulu ve Kuleli Askeri Lisesi Komutanlıkları, Avrupa yakasında olanların 66. Mekanize Piyade Tugay, 6. ve 47. Motorlu Piyade 
Alay Komutanlıkları tarafından kontrol edileceğinin kararlaştırıldığı aktarıldı.
Süphelilerden Murat Yanık'ın ifadesine yer verilen iddianamede, şüphelinin anlatımına göre toplantı sırasında şüphelilerin önlerinde bulunan İstanbul şehir haritasında Hava Harp Okulu tarafından kontrol edilecek noktalar hariç tüm noktaların fosforlu kalemle işaretli olduğu kaydedildi. Bunların ise Anadolu yakasında; Sabiha Gökçen Havalimanı, köprülerin Anadolu ayakları, Türk Telekom Genel Merkezi, TEM ve E-5 bağlantı yollarının bulunduğu birkaç nokta, Üsküdar Çevik Kuvvet Müdürlüğü, Avrupa yakasında; Atatürk Havalimanı, Bayrampaşa Çevik Kuvvet Şube Müdürlüğü, İstanbul Bu¨yu¨kşehir Belediyesi, İstanbul Valiliği, İstanbul Emniyet Mu¨du¨rlu¨ğu¨ şeklinde darbe girişimi sırasında hakimiyet sağlamak için kritik önemdeki yerler olduğu anlatılan iddianamede, sayılan birliklerin kontrol edeceği nokta ve bölgelerin dışındaki bölgelerin ise Hava Harp Okulu unsurları tarafından kontrol edileceğinin yine şüpheli Muzaffer Düzenli tarafından deklare edildiğini söylediğine dikkat çekildi.
İddianamede, şüpheli Yanık'ın ifadesinde, şüphelilerden Mehmet Murat Çelebioğlu'nun darbe faaliyetinin başlamasıyla birlikte aktive edilecek, personel arasında irtibat ve koordinasyonu sağlayacak bir WhatsApp grubu kurması talimatı verdiği ve darbe girişiminin başlamasıyla, söz konusu şüpheli tarafından "Yurtta Sulh Biziz" isimli WhatsApp grubunun kurulduğunu söylediği kaydedildi.
- Üsteğmen tutanakla ortaya çıkardı
İddianamede, Atatürk Havalimanı Jandarma Bölük Komutanı Üsteğmen E.Ç'nin savcılıkça alınan ifadesine de yer verildi. Üsteğmen E.Ç'nin ifadesinde, 14 Temmuz 2016'da İl Jandarma Komutanı Kurmay Albay Gu¨rcan Sercan ile 66. Mekanize Piyade Tugay Komutanı Tuğgeneral şüpheli Mehmet Nail Yiğit'in bölu¨ğe geldiklerini, önceden şahısların habercilerinden öğrendiği kadarıyla ziyaretin çay içmek maksatlı olduğunu ancak kendisine Atatu¨rk Havalimanı'na ait krokinin olup olmadığını sorduklarını, kendisinin de krokinin olduğunu söyleyip makam odasında bulunan krokiyi getirttirdiğini anlattığı belirtildi.
İddianamede, E.Ç'nin krokinin istenmesini yakın zamanda havalimanında meydana gelen terör saldırısıyla ilgili olabileceğini du¨şu¨nerek Gu¨rcan Sercan'a bilgi vermek istediğinde, Sercan'ın bilgi vermesine gerek olmadığını, o olayla ilgili her şeyi bildiğini söyleyerek, ''Soracağım sorulara cevap ver'' dediğini dile getirdiği bildirilerek, ilk olarak kroki u¨zerinde nerede olduklarını sorduğunu, daha sonra yine kroki u¨zerinde Devlet Konukevi'nin yeri, iç hatlar, dış hatlar terminallerinin yeri, Atatu¨rk Havalimanı'na kaç giriş ve çıkış olduğunu ve yerlerini sorduğunu, kendisinin de bilgi verdiğini, bu esnada Mehmet Nail Yiğit'in ise kendisiyle muhatap olmayarak, Sercan'a verdiği cevaplara göre krokiyi ayrıntılı bir şekilde incelediğini söylediği aktarıldı.
Üsteğmen E.Ç'nin ifadesinde, Sercan'ın kendisine son olarak havalimanında kaç tane kontrol kulesinin olduğunu ve bunların nerede bulunduğunu sorduğunu, kendisinin de tam olarak yerlerini bilmediğini söylediğini, daha sonra Gu¨rcan Sercan'ın ''sen bize iki çay söyleyip çıkabilirsin" dediğini, kendisinin de kameriyenin kapısını kapatarak çıktığını, yaklaşık 20-25 dakika kadar ikisinin baş başa konuştuklarını, daha sonra ilk önce Mehmet Nail Yiğit'in, sonra da Gu¨rcan Sercan'ın ayrıldığını söylediği iddianamede yer aldı.
İddianamede, E.Ç'nin, darbe girişiminden sonra şüphelilerin, darbe girişiminin önemli bir ayağı Atatu¨rk Havalimanı olduğu için, limanın dış korumasıyla görevli birliğine kritik yerlerin keşfi maksatlı geldiklerini du¨şu¨nerek olayı tutanak altına alıp kamera kayıtlarını emniyete verdiğini beyan ettiği vurgulandı.
- Ordu komutanının kaçırılmasına teşebbüs
İddianamede, olay tarihinde 1. Ordu Komutanlığı görevini yu¨ru¨ten müşteki Orgeneral Ümit Du¨ndar'ın darbeci askeri kanat tarafından hazırlanan sözde atama listesine göre mevcut görevine son verilerek Kara Kuvvetleri Komutanlığı emrinde görevlendirildiği belirtildi.
Darbeci unsurların ele geçirdiği 1. Ordu Komutanlığı Harekat Merkezi'nde bulunan Eyyu¨p Gürler ve Ahmet Zeki Gerehan'dan alınan talimatla Harp Akademileri Komutanlığında öğrenci subay olan Muammer Karaman, Batur Alp Çakır, Murat İlhan ve Mehmet Akif Aslan'ın silahlı ve teçhizatlı şekilde saat 22.30 sıralarında mu¨şteki Ümit Du¨ndar'ın Fenerbahçe Orduevi sahasında bulunan konutuna gittikleri anlatılan iddianamede, ev içerisinde dolaşarak ve sorarak mu¨ştekiyi aradıkları ancak bulamayınca ayrılarak görevli oldukları 1. Ordu Harekat Merkezine döndükleri kaydedildi.
İddianamede, müştekinin ise kendisini kaçırmaya gelen askeri unsurlar gelmeden 15-20 dakika kadar önce İstanbul Emniyet Mu¨du¨ru¨ Mustafa Çalışkan'ın yaşanan olayları haber vermesi u¨zerine onunla buluşmak u¨zere konutundan ayrıldığı, darbeci askeri kanadın kullandıkları "Yurtta Sulh Biziz" isimli WhatsApp grubunda mu¨ştekinin durumu ve yerini su¨rekli olarak sorguladıkları ancak ulaşamadıklarından kaçırma eylemini gerçekleştiremedikleri, kaçırma eyleminin teşebbu¨s aşamasında kaldığı bildirildi.