Soruşturmayı yürüten Terörle Mücadele Kanunu (TMK) 10. maddesiyle görevli Cumhuriyet Savcısı, yaklaşık bin 937 sayfa ve 315 ek klasörden oluşan iddianameyi 22Ocak 2013'te tamamlayarak, "askeri gizli bilgi ve belgeleri ele geçirme, bulundurma" suçlamasıyla 49'u muvazzaf asker, 79'u tutuklu 357 sanık hakkında dava açmıştı.