Cumhuriyet Savcısı, suçun örgüt üyeliği kapsamında kaldığını belirterek, kararı temyize gönderdi. 2004 yılında dosyayı karara bağlayan Yargıtay 9'uncu Ceza Dairesi, savcının temyiz başvurusunu yerinde bularak, yerel mahkemenin verdiği hükmü bozdu. Dosyanın Yargıtay tarafından bozulması ardından Özbek'in yargılanmasına 2004 yılında yeniden başlandı. 2009 yılında dosyayı karara bağlayan mahkeme, Özbek'e örgüt üyeliği suçundan 7.5 yıl hapis cezası verdi. Hasta ve yaşlı olduğu için tekrar cezaevine girmek istemeyen Makbule Özbek, zaman zaman akrabalarının yanında kalırken, kalp rahatsızlığı, şeker ve yüksek tansiyondan dolayı resmi ve özel hastanelere defalarca giderek tedavi oldu. Makbule Özbek, son olarak Diyarbakır'daki bir özel göz hastanesinde tedavi olup evine gittikten sonra, kendisini bekleyen polisler tarafından yakalanarak kalan 2.5 yıllık hapis cezasının infazı için cezaevine konuldu.
Makbule Özbek'in kuzeni olan avukatı gülşen Özbek ise, hastanelerde uygulamaya konulan avuç içi ve parmak izi uygulaması sayesinde müvekkilinin yakalandığını öne sürdü. Özbek, müvekkilinin çocuklarını öğrenmek amacıyla hareket ettiğini, 2009 yılından bu yana hakkındaki ceza nedeniyle arandığını bildiğini, tedavisini sürdürmesi gerektiğini belirtirken, "Müvekkilimin sağlık sorunlarını içeren raporlarla tahliye edilmesi veya infazının geri bırakılması için Cumhuriyet Savcılığı'na başvurduk. Ancak, Adli Tıp Kurumu'ndan rapor alınması gerektiği için bu süreç çok uzun sürüyor. Cumhurbaşkanı'nın da bu tür mahkumları af yetkisi vardır. Makbule Özbek'in affedilmesi için Cumhurbaşkanı'na da başvuracağız" dedi. Makbule Özbek'in eşi 67 yaşındaki Rıfat Özbek de tutuklama kararını eleştirdi.